В 1876 г. открылся новый участок Балтийской ж.д. – Тапс – Дерпт (Тарту), который в 1889 г. была продлен до г. Валк (Валга) в Лифляндии, где был соединен с вступившей в строй в том же году Псково-Рижской железной дорогой.
В 1896 г. в строй вступила первая узкоколейная (750 мм) железная дорога общего пользования Валк – Пернов (Пярну), в следующем году открыт узкоколейный участок от Мойзекюля (Мыйзакюла) до г. Феллин (Вильянди), откуда в 1901 г. железная дорога была продлена до порта в Ревеле с веткой до г. Вейсенштейн (Пайде). Вся узкоколейная железнодорожная сеть принадлежала Первому обществу подъездных путей.
Ширококолейная сеть также продолжала развиваться – в 1905 г. была открыта ветвь Кегель (Кейла) – Гапсаль (Хаапсалу), вошедшая в состав объединенной Балтийской и Псково-Рижской железной дороги.
После распада Российской империи 24 февраля 1918 г. была провозглашена Эстонская Республика. Самостоятельная Эстонская железная дорога (ЭЖД) была создана 15 ноября 1918 года на базе Северо-Западной железной дороги, Первого общества подъездных путей и участков военно-полевых железных дорог, сооруженных в годы Первой мировой войны.
1924 г. ознаменовался для ЭЖД запуском электрифицированного участка Таллин – Пяэскюла (номинальное напряжение =1200 В). При этом подвижной состав был собственного производства. Этот участок стал первой электрифицированной линией на территории бывшего СССР, однако в 1941 г. контактная сеть была демонтирована.

Пассажирская электромотриса типа М под номером 1 (Источник: группа ВК «Советская железнодорожная коллекция»)
В 1931 г. было завершено строительство ширококолейной железнодорожной линии Тарту – Петсери (Печоры-Псковские), и независимая Эстония получила более прямое и быстрое сообщение с СССР. Но в основном между двумя войнами в стране строились узкоколейные железные дороги. Интересно, что именно Эстонии принадлежит мировой рекорд скорости движения по железной дороге колеи 750 мм. В 1936 г. инспекционная автомотриса преодолела расстояние от Пярну до Таллина (146 км) за 2 ч 6 мин. Таким образом, средняя скорость движения составила 69 км/ч при максимальной достигнутой скорости 102,6 км/ч!В 1940 году, когда ЭЖД была включена в железнодорожную сеть СССР, протяженность железнодорожных линий общего пользования в Эстонии составляла 1447 км, из них 772 км – ширококолейных участков и 675 км – узкоколейных.

Шахта-гигант по добыче сланца "Эстония" в Кохтла-Ярве вступила в строй (Фото: ТАСС)
После Великой Отечественной войны началось восстановление и техническое перевооружение железной дороги, сопровождавшееся и неоднократными административными изменениями. Уже в 1946 г. была восстановлена электрификация между Таллином и Пяэскюла (на напряжение =750 В). В 1953 г. Эстонская, Латвийская и Литовская железные дороги были объединены в Балтийскую ж.д., однако в 1956 г. вновь разделены.

Начальник цеха В. Толмачев (справа) и аппаратчики Т. Иванова (в центре) и Е. Шипкова возле цистерн с готовой продукцией (Фото: ТАСС)
Представляет интерес тот факт, что в эти годы Пярнусское отделение Балтийской железной дороги было одним из двух отделений в системе МПС СССР с колеей исключительно 750 мм (наряду с Грайворонским отделением на Украине).

Балтийская ж.д. на территории Эстонии по состоянию на начало 1955 г. Красными крестами отмечены разобранные в 1960–1970-е годы узкоколейные участки (Источник: Альбом схем железных дорог СССР. М.: Главтранспроект, 1955)
В 1957–1959 гг. Эстония полностью перешла с паровозной на тепловозную тягу, при этом была продолжена электрификация пригородных участков в Таллинском узле. В феврале 1963 г. вновь произошло объединение ЭЖД с железными дорогами Латвии и Литвы в единую (на этот раз Прибалтийскую) железную дорогу.

В 1967–1975 годах в Эстонии наблюдалась массовая ликвидация узкоколейных железных дорог общего пользования из-за убыточности – они были заменены автодорогами с твердым покрытием.
На колею 1520 мм была перешита меньшая их часть; при этом важным проектом союзного уровня стало открытие ширококолейной железной дороги Таллин – Пярну – Руйиена с запуском прямого пассажирского железнодорожного сообщения между Таллином и Ригой в 1981 г.

Поезд на станции Мыйзакюла на границе Эстонской и Латвийской республик.(Фото: ТАСС)
После распада СССР этот маршрут прекратил существование, а в 2008 г. магистральный участок от Пярну до латвийской границы был разобран.

Станция Пярну-Грузовая, 1981 г. Первый поезд Таллин – Пярну – Рига (Источник: группа ВК «Географическое общество "Спилве"»)
Последним крупным объектом нового железнодорожного строительства советской эпохи в Эстонии стало сооружение подходов к новому порту Мууга (бывший Новоталлинский порт) в 1982–1986 гг.
После возобновления независимости Эстонской Республики 1 января 1992 г. было создано Государственное предприятие «Эстонская железная дорога». В том же году было установлено членство Эстонской железной дороги в Международном союзе железных дорог и Организации сотрудничества железных дорог.

В 1997 г. предприятие было преобразовано в акционерное общество «Eesti Raudtee». А в 2009 г. произошло разделение АО «Eesti Raudtee», в ходе которого создано два дочерних предприятия: AS EVR Infra – предприятие по управлению и обслуживанию инфраструктуры и AS EVR Cargo – предприятие в сфере грузоперевозок.
Значимым событием в новейшей истории Эстонии стало открытие 8 декабря 2019 г. восстановленного перегона Рийзипере – Турба исторической железнодорожной линии Рийзипере – Хаапсалу, которая была полностью демонтирована и сдана на металлолом в 2004 г. В отличие от ранее существовавшей линии на тепловозной тяге восстановленный участок электрифицирован.
Совместный проект 1520International и Института экономики и развития транспорта (ИЭРТ).